处理土地被私自占用建房问题时，特殊情况或例外情形会影响结果，主要有：
1. 为公共利益且已补办手续，可减轻或免除处罚。例如政府因建公共交通设施临时占地建房，事后及时补全手续，相关部门可能减轻处罚甚至免罚。
2. 经土地所有者默许，可能影响违法性质认定。比如土地所有者明知他人私自建房却不反对，反而提供便利，占用者可能被认定合法，法律认定需综合判断责任。
3. 历史遗留问题或政策调整可能使原有建筑合法化或需补手续。例如过去因法规不完善或执行不严，部分未办全手续的房屋长期存在，政策调整后可能允许通过补手续实现合法化。
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认定土地被私自占用建房违法，可依据《中华人民共和国土地管理法》（2019年修正版）第七十七条明确：“未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，可以并处罚款；对非法占用土地单位的直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。超过批准的数量占用土地，多占的土地以非法占用土地论处。” 私自建房者未经批准占用土地，完全符合“未经批准非法占用土地”情形，无论土地性质是农用地还是建设用地，缺乏合法审批即违法，需承担相应法律责任。
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土地被私自占用建房是违法的，具体分情况说明：
1. 占用农用地且未办农用地转用审批手续，私自建房属严重违法，因农用地转用受严格限制，未经批准用于非农建设违反土地用途管制制度。
2. 占用建设用地但未取得建设用地规划许可证、建设工程规划许可证等合法手续，同样违法，建设用地使用需遵循法定审批程序。
3. 土地存在权属争议时，争议解决前私自建房既违法又易引发新纠纷，应先解决权属问题再依法建设。
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土地被私自占用建房存在多方面法律风险，举例说明两点：
1. 经济损失风险：被查处后，占用者可能面临罚款、拆除建筑物及恢复土地原状的费用。例如小明私自占用农用地建房未办手续，自然资源主管部门责令限期拆除房屋、恢复原状并罚款，其建房资金损失，还需承担拆除和恢复费用，造成较大经济损失。
2. 刑事责任风险：非法占用土地情节严重构成犯罪的，需承担刑事责任。例如某企业大规模私自占用耕地建房，数量大且造成耕地毁坏，可能触犯刑法中非法占用农用地罪，企业相关负责人将被追责。
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