针对您的工资问题，为您分析可能存在的法律风险点。
1. 诉讼时效风险：劳动争议申请仲裁的时效为一年，从您知道或应当知道工资权益受损之日起计算。例如，若您2023年1月发现公司仅发1288元基本工资，但直到2024年2月才申请仲裁，已超过一年时效，仲裁机构可能不予受理。
2. 证据链不完整风险：若您缺乏劳动合同、连续的工资支付记录等关键证据，可能导致主张不被支持。例如，您主张公司应支付5000元工资，但未提供劳动合同证明约定工资，仅能提供个别月份的工资条，仲裁机构可能无法认定公司未足额支付工资。
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您咨询的“工资只发基本工资一千二百八十八怎么算”问题，核心是判断该发放行为是否合法及如何维权。
公司仅发放基本工资1288元可能违反劳动合同法或最低工资规定。
1. 若劳动合同约定了高于1288元的工资标准（如包含绩效、津贴等），公司未按约定发放全额工资，构成违约，您有权主张工资差额。
2. 若1288元低于您工作地的最低工资标准，公司行为违反《劳动法》第四十八条，您可要求补足差额。
3. 若劳动合同明确约定工资为1288元且不低于当地最低工资标准，则公司发放行为合法。
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针对您提出的工资发放问题，结合相关法律规定为您分析依据。
根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十条，用人单位应按劳动合同约定和国家规定及时足额支付劳动报酬。若您与公司的劳动合同约定了高于1288元的工资（如含绩效、奖金等），公司仅发1288元的基本工资，属于未足额支付劳动报酬，违反该条款。同时，《中华人民共和国劳动法》第四十八条规定国家实行最低工资保障制度，若1288元低于您工作地的最低工资标准，公司行为亦违反此规定。综上，若存在劳动合同约定工资高于1288元或该金额低于当地最低工资标准的情况，公司发放工资的行为违法。
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针对工资发放问题，为您说明可能影响处理的特殊情况。
1. 公司经营困难与员工协商调整工资：若公司因经营困难与员工协商一致，暂时仅发放1288元基本工资，并签订了书面协议，此时公司行为不构成违约，但需按协议约定履行后续工资支付义务。若未签订书面协议，该调整可能不具备法律效力。
2. 工资包含绩效部分且未达到发放条件：若劳动合同约定工资包含绩效工资，且绩效工资需达到一定考核标准才能发放，公司因您未达到考核标准仅发1288元基本工资，则该行为合法，但公司需提供考核标准及您未达标的证据。
3. 员工处于试用期且工资符合法律规定：若您处于试用期，劳动合同约定试用期工资为1288元，且该金额不低于劳动合同约定工资的80%、不低于当地最低工资标准，则公司发放行为合法；若低于上述标准，则仍属违法。

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